马克斯德尔布吕克中心和柏林夏里特医学院实验与临床研究中心 (ECRC) 的研究人员发现，小鼠胃肠道的不同解剖部分携带着不同的微生物群落组成。此外，微生物群的具体组成会影响任何特定区域的免疫细胞类型和丰度。

该研究发表在《肠道微生物》杂志上，绘制了免疫细胞和微生物群落的复杂空间组织，为研究肠道微生物与炎症疾病之间的相互作用提供了工具。

先前的研究暗示胃肠道中存在“热点”，特定免疫细胞和微生物可能在这些热点上发生更密切的相互作用。但这项研究的作者之一、尼古拉·威尔克博士的心肾疾病免疫微生物动力学实验室的亨德里克·巴托洛梅乌斯博士说，还没有人系统地研究过整个肠道的情况。“我们被一个简单的问题所激励：免疫细胞是如何在肠道中组织的，微生物组如何影响这种组织?”

微生物群落塑造免疫系统

研究人员将无菌小鼠的肠道解剖成段，然后提取微生物 DNA，以此比较无菌小鼠和常规定植小鼠的胃肠道。他们使用宏基因组测序来识别所有存在的细菌种类。同时，他们从这些段中分离出免疫细胞，并使用流式细胞术对其进行分析，这是一种常用的技术，可根据特定细胞标记物识别和量化不同的免疫细胞类型。